es liegt tatsächlich an einem fehlenden restart eines Systemdienstes. Durch den reboot via Text-UI oder ssh lässt sich das Problem in jedem Fall aus der Welt schaffen.
Für den geübten User hilft auch ein /etc/init.d/zend-server restart als root weiter.
Wir werden zur Version 6.12.01 den Updateprozess entsprechend anpassen.